1841年，托马斯·里德尔受苏格兰长老会委托携带维多利亚女皇的皇家来到京士顿创立“女皇学院”，这就是女皇大学的前身。1847年3月7日，大学在城市边沿的一个小木屋里正式开课了，只有两个教授和13个学生。

最初的11年里，大学没有固定的校舍。在加拿大联邦成立之前，大学的经济来源主要依靠苏格兰长老会、加拿大政府和私人捐款。由于经济危机，银行破产，大学损失了三分之二的经费。多亏了校长斯诺格拉斯和其他校董在全加拿大的一次紧急募捐，学校被挽救了，可是仍不断有是否要并入多伦多大学以防经费来源中断的声音。后来，在女皇大学校友、第一赞助者Robert Sutherland的遗产捐助下，女皇学院得以脱离不定的经济状态并且维持独立的学院。

1881年5月17日，女皇学院正式升格为大学。1854年，皇大成立了医学院。1861年，大学接管了京士顿的天文观测台。1869年，皇大招收了第一个女生。到了19世纪70年代，在校学生的人数已从15增加到100多。1912年脱离苏格兰长老会，并正式更名为“女皇大学”（“女王大学”/ 另被译为“皇后大学”）。

在第一次世界大战期间，因为学校学生、教授、校务人员，被征募入伍而造成学生注册人数骤降，女皇大学再一次地面临经济危机。最后，在100万加拿大元的募款行动和停战之后，解除了危机。

1951年到1961年间，学校开始了一连串积极的校舍兴建计划，其中包含五栋学生宿舍。在1957年新建了以加拿大第一位总理为名的约翰·亚历山大·麦克唐纳馆（John A. Macdonald Hall）。在1950年代，女皇大学主要的扩建包括唐宁馆（Dunning Hall），理查森馆（Richardson Hall）。1970年代中期，学校全职生的人数达到10，000人。每个院系都得以独自拥有专属的系馆。而1968年，女皇大学教育学系所则创建在主校区以西一公里处的西校区，是谓西校区的开始。

1993年，女皇大学获赠Herstmonceux城堡，位於英国英格兰东萨塞克斯。现今，Herstmonceux城堡则作为“Bader国际教学中心”。

2010年五月，女皇大学成为了The Matariki Network of Universities的创始成员。

作为一所公立研究型大学院校，女皇大学亦是加拿大大专院校协会（Association of Universities and Colleges of Canada）会员之一。

英国皇室成员来访

1991年，女皇大学庆祝150周年校庆的同时，英国查尔斯王子亦偕同当时的黛安娜王妃莅临，一起让女皇大学记录下这历史性的一刻。英国查尔斯王子也特别赠送150年前维多利亚女皇用以建立女皇大学颁布的皇家特别允许状(The 1841 Royal Charter)的复刻品；现今，该复刻品仍在 John Deutsch 大学中心展示。